In de groep zitten experts op het gebied van softwareontwikkeling, bio-informatica, genetica, DNA-sequentietechnologie en DNA-databanken. Samen buigen ze zich over een techniek die next generation sequencing heet. Daarmee kan het complete genetisch materiaal van bacteriën in kaart worden gebracht, inclusief genen die resistentie tegen antibiotica veroorzaken.
Next generation sequencing wordt steeds vaker gebruikt om het ontstaan en de verspreiding van antibioticaresistentie in kaart te brengen, maar er zijn nog problemen. De belangrijkste onbeantwoorde vraag is: hoe kunnen de resultaten van de sequencing worden vertaald in het meest geschikte antibioticum voor de behandeling van patiënten? Andere problemen zijn onder meer: het waarborgen van de kwaliteit van sequentiegegevens, de ontwikkeling van software-algoritmen om resistentie-genen nauwkeurig te identificeren en de voortdurende ontwikkeling van databases.
Het expertnetwerk genaamd ‘Integrating Microbial Sequencing and Platforms for Antimicrobial Resistance (Seq4AMR) zal proberen oplossingen te bieden voor deze problemen. Dr. John Hays van de afdeling Medische Microbiologie & Infectieziekten (MMIZ) van het Erasmus MC en prof. Erik Kristiansson van Chalmers University of Technology in Zweden coördineren het netwerk.
Dr. Hays en zijn collega’s uit MMIZ en de Clinical Bioinformatics Unit zijn onder meer verantwoordelijk voor het aanleveren van nieuw materiaal voor onderwijs en training.
Financiering is beschikbaar gesteld door de Nederlandse en Zweedse overheid als onderdeel van het ‘Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR).
